По умолчанию Joomla использует свою favicon.ico иконку. Для её замены надо зайти в директорию где расположен ваш шаблон и заменить на другую. Для создания своей иконки можно использовать любой оффлайн редактор , но последнее время я пользуюсь онлайн сервисом WWW.FAVICON.CC